Le propos du musée ne se résume pas à un rapport historique au médium. La photographie contemporaine, qu’elle soit plasticienne ou documentaire, y occupe également une place essentielle. Une salle complète lui est consacrée où les collections, comme pour le restant du parcours, font l’objet de rotations régulières dans leur présentation.

Le musée s’emploie depuis des années à soutenir la création actuelle, tout en privilégiant une connaissance approfondie de l’œuvre de certains photographes. Il conserve ainsi des dizaines de milliers de négatifs et d’ektachromes de Peter Knapp, un ensemble représentatif des réalisations de Patrick Tosani, un fonds important du reporter Stanley Greene…

Le Centre national des arts plastiques a déposé en 2011 au musée 89 œuvres de photographes français tels que Sophie Riestelhueber, Jean Le Gac, Patrick Faigenbaum, Jean-Marc Bustamante, Jean-Louis Garnell, Eric Rondepierre, Sophie Calle…

Cette attention portée au contemporain est d’autant plus importante que le musée dispose d’un laboratoire de photographie numérique adapté à la production des artistes en résidence ou soutenus par le musée.

La programmation des expositions temporaires (au rythme de 6 par an) reflète également ce goût pour la création actuelle (Yuki Onodera, Mathieu Bernard-Reymond, Mathieu Pernot, Raphaël Dallaporta, Elina Brotherus…), autant que pour les grands "anciens" (Robert Doisneau, Izis, Edouard Boubat…) et pour des thématiques ciblées (les albums de famille, l’image de guerre, la photographie de rue…).